Teste Nucleares dentro da Área 51

Na década de 50, quando o foco da base era testar o avião espião U-2, a CIA teve de interromper as operações e evacuar a instalação devido ao teste nuclear realizado nas proximidades do local de teste de Nevada. Às vezes, a AEC (Comissão de Energia Atômica) anunciava os testes com antecedência para permitir que os moradores próximos tivessem tempo de evacuar a área se considerassem necessário, mas outras vezes, os testes não eram anunciados. Os resultados desses testes podem ser vistos em cidades a 161 km de distância. Freqüentemente, as pessoas em Las Vegas organizam viagens para picos próximos e fazem piqueniques olhando para as nuvens em forma de cogumelo.

Em 1980, o governo autorizou um programa para remover solo irradiado dos arredores do Lago Groom, já que vários testes haviam sido feitos ali, Fotos de satélite confirmam que equipes removeram quantidades imensas de sujeira da área. Cidades vizinhas informaram aumentos nos índices de câncer e muitas processaram o governo, alegando que os testes os deixaram doentes. De acordo com um processo judicial movido contra vários oficiais do governo, os trabalhadores solicitaram equipamento de segurança, como máscaras respiratórias, mas estes foram negados devido a questões orçamentárias. Quando eles perguntaram se poderiam levar seu próprio equipamento, seus superiores disseram que, por razões de segurança, eles não poderiam trazer equipamento externo para dentro da base. Muitos funcionários civis ficaram doentes devido à exposição. O Presidente Bill Clinton assinou um Decreto Presidencial eximindo a Área 51 de regulamentação ambiental em setembro de 1995. Esse decreto é o reconhecimento mais formal da existência da Área 51 pelo governo. O decreto referia-se à Área 51 como "o local de operações da Força Aérea. Atualmente, a Área 51 permite que a EPA (Agência de Proteção Ambiental) inspecione a instalação para garantir o cumprimento das exigências ambientais. Porém, todos os relatórios são confidenciais e não podem ser publicados.